So, mit der Antwort vom Support wollte ich mich nicht zufriedengeben, habe daher ein wenig herumexperimentiert und bin tatsächlich auf eine Lösung gestoßen.
Hier mal mein Weg, wie ich Capture One doch noch dazu überreden konnte, ein exportiertes Bild ohne Umwege in Color Efex zu öffnen:
1.) Anlegen einer neuen Verabeitungsvorgabe in Capture One Pro mit sämtlichen benötigten Einstellungen
2.) Im Feld "Öffnen mit" irgendein vorhandenes Programm aus der Liste auswählen und Capture One beenden
3.) Im Finder zum Ordner "/Users/Benutzername/Library/Application Support/Capture One/Recipes" navigieren
4.) Dort die entsprechende xml-Datei mit der erstellen Verarbeitungsvorgabe mit dem Texteditor öffnen
5.) Die Zeile suchen, die das ausgewählte Programm enthält, mit dem Capture One die exportiere Datei öffnen soll
In meinem Fall steht hier <E K="applicationURL" V="file://localhost/Applications/Nik%20Collection/Viveza%202.app/"></E>
6.) Hier muss nun lediglich der Pfad zur gewünschten Anwendung angepasst werden, im Falle von Color Efex sieht das dann so aus:
<E K="applicationURL" V="file://localhost/Applications/Nik%20Collection/Color%20Efex%20Pro%204.app/"></E>
Leerzeichen werden in xml-Dateien vermutlich mit %20 dargestellt, sollte im entsprechenden Programmnamen eine Leerzeile vorhanden sein, einfach stattdessen %20 einsetzen.
Mit Color Efex hat das wunderbar funktioniert, Capture One öffnet die exportierte Datei ohne Meckern mit diesem Plugin. Da dieser Eintrag in der xml-Datei veränderbar ist, sollte das mit jedem Programm möglich sein, nachdem der Pfad angepasst wurde.