Das ist dann vielleicht wirklich eine Spezialität der 1DX. Mit der 5DIII kann ich jede Blende vorm Abnehmen eines Canon Objektivs einstellen, das Ergebnis mit dem Lensbaby passt trotzdem immer.
Nur aus Interesse: was zeigt die 1DX denn als Blende an, wenn das Lensbaby drauf ist? Bei der 5DIII steht da "00". Wenn man es sich genau überlegt und davon ausgeht, dass die Kameras ja offensichtlich mit 'vollmanuellen' Objektiven umgehen können soll (sonst würden sie ja gar nicht auslösen), halte ich das Verhalten deiner Kamera für einen Bug. Wenn die Kamera feststellt, dass es keine elektrische Blende zum Einstellen gibt, nimmt sie ja einfach das Licht 'der vorhandenen Öffnung' (aka manuelle Blende) und passt den Rest eben an (oder zeigt in 'M' halt nur die korrekte Belichtung). Eigentlich ein einfacherer Vorgang, als bei der 'luxuriösen' Offenblendenmessung das später, nach dem Abblenden vorhandene Licht auszurechnen. Dass aber irgendwelche Blendenwerte, von vorher aufgeschraubten Linsen gespeichert sind, ist eigentlich absurd. D.h. ja, die Firmware geht fälschlicherweise davon aus, dass sie das Lensbaby eben auch elektrisch abblenden kann.
Wenn du die (einfache) Möglichkeit hast, würde ich da Canon dazu mal befragen. Das Problem sollte ja generell mit jedem 'dummen', sprich manuellen Objektiv auftreten. Dahingehend ist das Lensbaby ja nichts besonderes.