Ursache wird vermutlich in beiden Fällen das gepulste Signal sein. Da über die Audio-Hardware i.d.R. nur Wechselspannung übertragen werden können, ist das Signal, das bei der Kamera ankommt, mit der einfachen Hardware eben gepulst. Im Allgemeinen kommen die Kameras damit klar und filtern das "Prellen" heraus. Manchmal aber eben auch nicht - dann ist das für die Kamera, als ob mal kurz der Auslöser losgelassen und wieder gedrückt wurde.
Versucht als erstes doch mal in den "Erweiterten Einstellungen" die "Frequenz" der Kabelsignale zu erhöhen. Grundeinstellung ist 500Hz, Maximalwert ist 22050 Hz [alles darüber gibt nur Murks]).
Ansonsten hilft nur eine Schaltungserweiterung um einen Spannungsverdoppler, der gleichzeitig auch das Signal glättet. Hier eine Anleitung von [Maximus]:
https://www.dslr-forum.de/showthread.php?t=1312136
Und hier der "Schaltplan" dazu:
https://www.dslr-forum.de/showpost.php?p=11589215&postcount=1012