Ich hatte ein Jahr lang mit ner Nikon D5000 und einem Nikor 18-105 fotografiert. Bis auf Verzeichnungen und Vignettierung, die bei aktueller Software automatisch korrigiert wird, ist das Objektiv wirklich sehr gut. Die D5000 + 18-55 VR im Kit habe ich übrigens vor ein paar Tagen für 389 Euro im MM gesehen

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Kaufen würde ich mir die D5000 aber glaube ich nicht mehr, das hat aber andere Gründe. Kleiner, dunkler Sucher, schlechtes Display, kein AF-Motor.
Und genau den hat die D5100 auch nicht. Bei aktuellen Objektiven spielt das keine Rolle, aber bei älteren Linsen oder Exoten guckt man dann in die Röhre.
Was die Bildqualität angeht, ist die D5000 auf jeden Fall sehr gut und braucht sich hinter meiner Pentax K-r nicht vertecken. Die Bildqualität hat mir sogar noch ein bischen besser gefallen. Die D90 liegt sehr nahe bei der D5000, soll noch einen kleinen Tick besser abbilden. Auf jeden Fall hat sie aber das bessere Gehäuse, besseres Display, Sucher, ... Also alles, was mir an der D5000 gefehlt hat. Daher finde ich auch noch heute die D90 sehr interessant und sollte trotz des Alters noch immer in die engere Wahl genommen werden. Lediglich im HighIso-Bereich ist bei meiner D5000 ab ISO 3200 schicht gewesen, ISO 6400 konnte man vergessen. Das macht die Pentax viel besser. Ich habe schon Bilder bei ISO 12800 gemacht, die besser aussahen, als die der Nikon bei ISO 3200.
Bei Pentax finde ich die Kompatibilität zu alten und teilweise sehr günstigen gebrauchten Objetkiven ganz toll. Da gibts richtige Perlen für wenig Geld. Ausserdem ist der Bildstabi direkt in der Kamera verbaut, somit sind auch alte Objektive stablisiert. Der Sucher der K-r ist besser, als bei meiner D5000, in Verbingung mit der Sucherlupe O-ME 53 bin ich mit dem Sucherbild sehr zufrieden und empfinde dies nicht schlechter als z. B. bei einer D90.
Will sagen: Zwischen D90 und Pentax K-r liegen Unterschiede, die weniger bei der Bildqualität zu suchen sind, erst in höheren ISO-Regionen liegt hier die K-r vorne. Dafür hat die D90 die etwas bessere Dynamik. Auch habe ich die ISO-Automatik bei Nikon sehr geschätzt. Die Nikon ist als Kamera in der Ausstattung wertiger (Es gibt auch einen Batteriegriff für die D90), Direktzufgriff auf Funktionen.
Wenn ich vor der Entscheidung stände und bereits ein Nikor 18-105 hätte, würde ich zur D90 tendieren.