Schau mal in den Metadaten Deiner Bilder, was dort unter "Beschriftung" eingetragen ist. Wenn dort nur "rot", "grün" und so weiter steht, dann hast Du die Bilder ehemals mit den Standard-Beschriftungen versehen (die Farben sind keine echten Etiketten wie in Apple Aperture, sondern eigentlich nur kurze Texte, die unter "Beschriftung" in die Metadaten eingetragen werden.
Diese Beschriftungen kann man in Sets organisieren. LR bringt schon ein paar mit, und die, die Du da nennst, kommen mir bekannt vor. Geh mal ins Menü Metadaten > Farbmarkierungssatz. Dort kannst Du andere Sätze auswählen bzw. eigene erstellen (über "Bearbeiten"). Da müsste es auch einen geben, der Dir die Standard-Beschriftungen zurück gibt. Deine damals so beschrifteten Bilder müssten dann auch wieder die Farben anzeigen.
Gruß,
Christian
EDIT: Du hast wahrscheinlich versehentlich auf den Satz "Status prüfen" umgestellt (oder LR hat das getan). Dort kommt nämlich "Löschen" und so nen Kram vor. Stell mal auf Lightroom Standard.