Naja du hast natürlich folgendes Problem bei deinem "Vergleich". Wenn du die 400mm an deine 50D schraubst, dann wirst du von alleine schon eine größere Distanz zu den Tieren einhalten, da sie für dich ja bereits größer/genauso groß im Sucher wie bei der 5D Mk2 mit der gleichen Brennweite. Bei guten Wetterverhältnissen wäre da also die 50D von vorteil, da du eben nicht so nah ran musst, bzw. eben näher an die Tiere ran kommst. Problem ist jedoch, dass du bei diesigem Wetter durch die größere Distanz auch durch mehr "Dunst" durchsiehst, wodurch die Bilder dann Kontrastärmer bzw. weniger Detailreich weniger Farbenfroh werden. Wenn du rein den Qualitätsunterschied vergleiche willst, dann solltest du das Objektiv einmal auf die 50D schnallen und einmal auf die 5D und zwar beim gleichen Abstand.
Die 5D wird dir auf jeden Fall das bessere Rauschverhalten liefern, aber rein von der Abbildungsqualität wird sich das nicht allzuviel tun, nur dass du bei der 50D rein theoretisch mehr Details sehen kannst, da die Pixeldichte höher (bzw. die Auflösung nach dem 1.6x Crop der 5DII geringer wäre) ist, dafür muss aber auch das Objektiv von der Abbildungsqualität ausreichend gut sein um den Vorteil nutzen zu können.