Letzteres ist wohl eher der Fall. Das sogenannte und oft zitierte "Rauschen der Alpha" spielt bei meinen HDR-Bildern fast keine Rolle.
Bei Photomatix einfach mal eher vorsichtig an den Reglern spielen und verschiedene Einstellungen auf dasselbe Motiv anwenden. Ein eher zurückhaltender Intensitätswert führt meist zu den besten Ergebnissen.
Viele verstehen auch nicht, daß man nach der Kreation des HDR den Schritt "Tone Mapping" gehen muß, da das Bild ansonsten auf herkömmlichen Monitoren gar nicht korrekt dargestellt werden kann.
Dieses Tool scheint eine Alternative zu sein, habs allerdings noch nicht ausprobiert:
http://traumflieger.de/desktop/DRI/dri_tool.php
und hier gibt es noch mal eine ausführliche Einführung ins Thema und in Photomatix:
http://www.popphoto.com/howto/3038/how-to-create-high-dynamic-range-images.html