Sooo... Hab's jetzt auch nochmal probiert und die Felder leuchten sporadisch rot auf! Manchmal auch gar nicht!
Werde heute Abend mal ein firmwareupdate machen.... Vll ist es ja ne Software Sache...
Bei meiner 1000D blinken die Felder nur im Automatikmodus in der beschriebenen Art auf (also alle Messfelder aktiv).
In dem Falle entscheidet die Kamera über den Schärfepunkt. Das deckt sich manchmal mit den Wünschen des Fotografen, aber eben nicht immer.
Also sicherstellen, dass nur ein Messfeld verwendet wird (z.B. das mittlere) und nochmal testen.