Ich habe mich damit ein paar Tage beschäftig.
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Das andere, wenn man die Bilder mit Camera RAW 6 (CS5) vergleicht, sieht man sehr schnell dass das Bild aus CNX bei einer Schärfung von 140% USM Schärfungsartefakte aufweist, da von Camera RAW nicht (Beide sind gleich scharf).
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Photoshop CS4/CS5 sind RAW Konverter. Ob du deine Bilder nun mit CNX2 entwickelst oder mit Photoshop Camera RAW, welchen Unterschied macht das vom Workflow?
Du bist mir 'n Schnuffi!

Du hast mit der Software gespielt und Dich offenbar nicht damit beschäftigt. Denn das schließt ein, dass man auch das Handbuch liest. Da gibt es zum Bleifisch solche Sätze wie diesen hier:
"Ein Intensitätswert von 20% in Capture NX 2 entspricht in etwa einem Wert von 100% in Adobe Photoshop. Bei einem Stärke von Null (0) erfolgt keine Scharfzeichnung. Um die Konturen zu schärfen, muss ein Stärke von mindestens 1% eingegeben werden." Was Du also gemacht hast ist klar: Du hast die Schärfung über jedes vernünftige Maß getrieben und 'nen angebissenen Apfel mit 'nem Fenster verglichen.
Zu Deiner Frage nach dem Unterschied im Workflow: Stelle mal Deine Kamera ein, sagen wir mal auf s/w mit Sepiatonung. Öffne mal die Bilder mit einem Mausklick im jeweiligen Programm. Na - fällt was auf?
Zum einen ist schwer zu durchschauen, warum es mit "Farbtremperatur festlegen" und "Messwert" zwei Untermenüs gibt und ich zum anderen für die Feinabstimmung nur bei letzterem eine (kastrierte) Kelvinskala habe, beim ersten nur eine fummelige blau/rot-Anzeige.
Der Grund dafür ist schnell erzählt. Nikon verwendet die Menüpunkte wie "Sonne" etc. ebenfalls in der Kamera. Es entsprichte eher dem Naturell des Menchen hinter der Kamera, sich über "Sonne" und "Wolken" Gedanken zu machen als, als über Kelvin-Grade. Der Photoshopper mag das anderes sehen.
Zur Aufteilung des Menüs ist einfach zu beachten, dass man im ersten Menü überlegen kann, ob man einen Graupunkt festlegen möchte. Wer also eine Graukarte im Motiv hat oder sich ein Grau "sucht", geht erst da ran. Da der gemessene Graupunkt gespeichert bleibt, kann man zwischen allen Werten hin und her hüpfen. Flexibilität mit System...
Es wird schon seinen Gründe haben wieso fast alle guten Fotografen Lightroom oder Aperture benutzten und kein Capture NX, oder wie erklärs du dir das?
Möglicherweise hast Du Canon-Fotografen gesehen, die einfach kein CNX einsetzen können?

Mal ernsthaft: die RAW-Converter der Hersteller haben einen schweren Stand, weil Adobe im Sektor des Bildbearbeitung einfach marktbeherrschend ist. Machen wir uns nichts vor: würde es keinen Dave Coffin geben, der eigentlich die Drecksarbeit des Reengineering erledigt, auf den Adobe zugreift, würdest Du wohl mehr Profis mit den EOS-Utilities oder CNX sehen.