Prinzipell kann der Fokus bei mehr Licht (und vorhandenen Kontrasten) natürlich besser scharfstellen, es kommt aber auf den Winkel des einfallenden Lichts an:
Prinzipiell kommt auch bei Blende 8 genug Licht durch die Blendenöffnung, wenn viel Licht da ist. Blende 11 in der Saharasonne oder Blende 1,4 in der Kneipe können die selbe Lichtmenge durchlassen, ist aber für den Fokus egal: Es geht um den Winkel des auftreffenden Lichtes, den Unterschied des Strahlengangs zwischen Blende 1,4 und Blende 11.
Überleg dir den Winkel des Stahlengangs bei kleiner werdender Blende. Das Licht wird immer mehr gebündelt, sodass bei Blenden kleiner 5,6 der Strahlengang einfach nicht mehr zu den Autofokus-Sensoren dringen kann, die beiden Phasenvergleichspunkte des Fokussensors also nicht mehr vergleichen (= fokussieren) können. Die Erfolgschancen werden kleiner 5,6 einfach so gering, dass Canon eben meint, die Kunden würden damit nicht zufrieden sein. Ein 100-400 mit 2x-Konverter, wie es der TO nutzen will, hat eine Offenblende von 11. Der Strahlengang des Lichts kommt also so flach ins Spiegelgehäuse, dass die Fokussensoren nur noch Matsch sehen, wenn das Licht durch den halbdurchlässigen Spiegel auf sie trifft. Es kann nicht gehen.
Canon setzt die Grenze von 5,6 nicht, weil sie uns ärgern wollen, sondern, weil die Fokussysteme der Physik unterliegen.