Ein konkreter Fall wäre mir auch nicht bekannt. Aber beim internen Aufbau des FAT(32)-Dateisystems kann es durchaus subtile Unterschiede geben. Die 'theoretische' Frage wäre also, ob die Kamera bestimmte Eigenschaften des Dateisystems voraussetzt (lies: in ihren Zugriffsroutinen implizite Annahmen über gewisse Strukturgrößen macht) - die ließen sich bei der Formatierung am PC nämlich durchaus auch abweichend erzeugen (z.B. Partitionstabelle vs. "Superfloppy", oder die Clustergröße und daraus resultierend Größe der / Anzahl der Einträge in den FATs). Das könnte für Konflikte sorgen.
Insofern wird es im Normalfall nicht schaden, die Kamera das Dateisystem nach ihren 'Vorstellungen' erzeugen zu lassen. In Fällen wie hier, wo dies offenbar nicht so recht funktioniert (ohne dass ich eine Idee habe wieso), muss man dann natürlich ggf. Alternativen suchen.
Gruß, Graukater