Diese Flecken beobachte ich an meiner 40D auch, wenn ich mit ganz kleiner Blende fotografiere, im Normalbetrieb eigentlich nie.
Bei den wenigen Aufnahmen, bei denen es stört, nutze ich einfach die Reparaturfunktionen von Aperture 2.1.
[Was ich mir wünschen würde, wäre die Verarbeitung von Staublöschungsdaten mit beliebigen RAW Konvertern (am liebsten mit Aperture 2.1).]
Von der Sensorreinigung lasse ich die Finger, nachher verschlimmbessert man nur noch.
Was mich mehr stört, sind Staubflecken im Sucher...