Lightroom geht wirklich am besten, weil Du eine Reihe z.B. mit Helligkeitsanpassung verarbeiten kannst.
Mangels LR benutze ich mein Videoschnittprogramm, hier gibt es verschiedene Überblendemodi und damit eine Art Entflickerung.
Natürlich sollte man schon bei der Aufnahme drauf achten, möglichst wenig Flicker in die Reihe zu bekommen; z.B. durch Verwendung eines Objektivs mit fester Blendeneinstellung - adaptiertes Altglas etwa oder Dritthersteller-Objektive ohne Blendensteuerung und mit manuellem Fokus.