Eigentlich ist es relativ einfach. Das einfallende Licht enthält einen horizontal und einen vertikal polarisierten Anteil, und die sind im Normalfall gleich stark. Der erste doppelbrechende Kristall lässt nun (im Fall von senkrechtem Einfall) den einen Anteil (z.B. den vertikal polarisierten) geradeaus weiter, bricht den anderen (also in diesem Beispiel horizontal polarisiert) aber horizontal zur Seite, bspw. nach links. Beide Anteile durchlaufen die Dicke des Kristalls und sind an seinem Ende proportional zur Dicke horizontal versetzt und polarisiert, der versetzte horizontal, der "direkte" vertikal. Oder andersrum, damit es deutlicher wird: Alles horizontal polarisierte Licht wurde versetzt, alles vertikal polarisierte nicht. Die beiden Anteile sind also eindeutig zu unterscheiden.
Im Fall wie bei Nikon D800E oder Canon 5DsR liegt der 2. doppelbrechende und gleich dicke Kristall um 180° verdreht. Er lässt also wieder vertikal polarisiertes Licht ungebrochen geradeaus durch, versetzt aber horizontal polarisiertes Licht horizontal um den gleichen Abstand wieder zurück nach rechts, um den es durch den 1. Kristall nach links versetzt wurde. Und damit ist die Wirkung des 1. Kristalls wieder aufgehoben. Es sind also nicht "2 Tiefpassfilter", sondern es ist einfach gar keiner mehr. Und ohnehin sind doppelbrechende Kristalle keine Tiefpassfilter, deren Übertragungskurve fällt nicht einfach mit steigender Ortsfrequenz auf 0, sondern pendelt zwischen 1 (Wellenlänge des optischen Signals (das ich nicht die Lichtwellenlänge!) ist ganzzahliges Vielfaches des Versatzes) und 0 (jeweils dazwischen).