Theoretisch ja, praktisch oft nein.
Es gab schon innerhalb der 4er-Unterversionen mal den Fall, daß die neuere Version ein bestimmtes Feature nicht mehr unterstützte (das frühere Digital-DEE wurde durch D-Lighting ersetzt; mit DEE behandelte Bilder konnten in den neueren Versionen dann nicht mehr korrekt gezeigt werden).
Außerdem wurden die Berechnungmethoden mehrmals verändert/verfeinert, so daß in vielen Fällen die Version 4.4 trotz Beibehaltung der Einstellungen nicht mehr ganz dieselben Ergebnisse liefert wie Version 4.0. Konkret erinnere ich mich an eine Verbeserung der Belichtungskorrektur, genauer gesagt die Restauration von Details in überbelichteten Stellen. Die zahlenmäßige Einstellung (Belichtungskorrekturwert) wird in diesem Fall zwar übernommen, aber das Bild-Ergebnis weicht sichtbar ab.
Es ist also sehr unwahrscheinlich, daß eine mit Capture 4.x bearbeitete Version beim Öffnen in Capture NX genauso rauskommt. Und selbst wenn sie es jetzt tut, kann es mit dem nächsten NX-Update wieder anders aussehen.
Fazit: Die Bearbeitungen, die mit Capture (egal ob 4 oder NX) gespeichert wurden, sind keine dauerhafte Sache. Mit jeder neuen Version (auch wenn sich nur die Nummer hinterm Punkt ändert) können sie verloren gehen.