Naja, ich würde sagen, da ja beide AF-Systeme nur einen Kreuzsensor haben (den in der Mitte) geben die sich nicht viel, grade bei den äußeren Punkten.
Was wirklich anders ist, ist die Abdeckung des Bildfeldes mit AF-Punkten, hier ist die D90 besser, da die AF Sensoren maximal das APS-C Format abdecken (Fragt mich nicht wieso, ist halt technisch nicht anders möglich).
Ergo hat die D90 die Punkte weiter verteilt als die 5D.
Die Unterschiede werden sich wohl in einem kleinen Rahmen abspielen, wobei mir die 5D in der Mitte etwas sicherer vorkommt (evt. wegen den 6 Hilfsfeldern die Canon angibt?).
Mit den äußeren Sensoren wäre ich bei beiden Kameras vorsichtig.