Ist evtl. "Schärfensuche wenn AF unmöglich" (C.Fn III -1 bei der 5DII) ausgeschaltet? Dann blockiert der AF, falls das Objektiv zu sehr defokussiert ist (Phasendifferenz außerhalb des Messbereichs). Ist es eingeschaltet, fährt die Kamera das Objektiv stattdessen einmal komplett über den Fokusbereich, bis der AF etwas zu greifen bekommt.
Würde allerdings nicht unbedingt erklären, warum es nach dem Aus/Einschalten wieder geht - es sei denn, danach hast Du auf etwas anderes fokussiert, so dass die Phasendifferenz zufällig wieder innerhalb des Messbereichs war.