Damit NEF überhaupt erkannt wird, müssen die PlugIns installiert sein. (IrfanView kommt ja in zwei Teilen.)
Mit D40-Dateien habe ich es nicht probiert, aber ganz allgemein empfehle ich für NEFs unter IrfanView:
Unter "Optionen > Einstellungen > PlugIns" das Häkchen setzen bei "Versuche nur das Vorschaubild zu laden". Dann konvertiert IrfanView nicht selber, sondern zeigt das eingebettete JPEG an. Das sieht meist wesentlich besser aus als das Ergebnis einer Konvertierung durch IrfanView, und es geht auch noch viel schneller.