Bei "für Web speichern" muß es normal immer passieren. Darum nimmt man unter anderem für Web speichern, weil durch das Entfernen der Exif-Daten etwas Speicher gespart wird, die Datei außerdem anonymisiert wird (falls z. B. der Kamerabesitzer in die Exifs eingetragen wird). Außerdem müßte noch sRGB als Farbraum eingestellt werden, damit es keine Problem bei der Anzeige gibt.
Beim normalen "speichern unter" dürften keine Exif-Daten verschwinden. Bist Du sicher, daß die Daten vorher da waren? Benutzt Du noch andere Programme, wie z. B. Noiseware?