Es ist so, dass die AF-Module der DSLRs (Phasen-AF außerhalb Liveview) einer gewissen Fertigungstoleranz unterworfen sind. Der Phasen-AF misst und sagt dem Objektiv wohin es sich bewegen soll. Sprich: Manche liegen beim Fokussieren etwas weiter vorne und manche weiter hinten. Auch kann es sein, dass sie minimal Schräg liegen, also die Fokuspunkte links etwas anders fokussieren als die rechts z.B. Ähnliche Toleranzen sind bei den Objektiven möglich, teils auch entfernungsabhängig und stets abhängig von der verbauten AF-Technik (50mm 1.8 hat z.B. über 20 Jahre alte Technik und dementsprechend...). Üblicherweise liegen diese Ungenauigkeiten innerhalb der Toleranzen der Hersteller. Ist dies nicht der Fall, dann liegt ein defekt vor. Aber auch wenn Kamera und Objektiv innerhalb der Toleranzen liegen, kann es sein, dass sich die Fehler von Kamera und Objektiv in die gleiche Richtung addieren. Kommt also zum leichten Backfokus der Kamera ein Backfokus des Objektivs und dazu ggf. noch alte Antriebstechnik im Objektiv und alte/günstigere Steuertechnik in der Kamera, wird das insbesondere bei großen Blenden (kleine Blendenzahl wie 1.8, 1.4, ...) sichtbar. Ob der Fehler im Rahmen der Toleranz liegt, kann dir nur Canon sagen. In der Regel wollen sie zur Justage deine Kamera und dein Objektiv. Der Grund dafür sollte jetzt klar sein.
Im Gegensatz dazu arbeitet der Liveview Autofokus über den Hauptsensor. Hier wird so lange verfeinert, bis eine Stelle mit maximalem Kontrast gefunden wird. Dabei fällt der AF-Fehler durch das Objektiv weitgehend weg (es wird dann einfach in die eine oder andere Richtung nachgeregelt) und da die meisten Sensoren recht exakt eingebaut werden, minimiert man so die Fehler deutlich. Der Kontrast-AF im Liveview ist also stets sehr genau. Die Fehlerquelle hier liegt darin, was im großen Liveview AF-Feld als maximaler Kontrast gemessen wird. Das muss nicht immer das sein, was du dir wünschen würdest.
Fazit: Liveview AF ist weitgehend unabhängig vom Objektiv sehr exakt. Phasen-AF ist Abhängig von der Justage des AF-Moduls und der Objektive. Aber auch bei den Kameras und Objektiven gibt es Unterschiede in der Qualität des AF. Man kann von einer 100D mit 50mm 1.8 nicht die gleiche Leistung wie von einer 5D MK III mit 35mm 2.0 IS USM erwarten.
Im Zweifel kannst du also deine Kamera mit den beiden Festbrennweiten (und auch mit den Zooms - wenn sie noch Garantie haben für umsonst) einschicken und Canon machen lassen. Wenn die Justage stimmt, bekommst du mit beiden AF-Varianten gute Ergebnisse, jedoch wird der Liveview-AF stets (etwas) konsistenter sein.
