Ich hab da nur Halbwissen.
Zum Einen, daß das SD für Secure Digital steht, weil DRM integriert ist. Ich persönlich mache um DRM einen möglichst großen Bogen (zu gut erinnere ich mich noch zB an SONYs Mini Disc Player, die selbst aufgenommene erste Geräusche des Babys gnadenlos als copyrighted deklarierten und den jungen Eltern das Kopieren standhaft verweigerten

).
Käufer jedenfalls scheinen gerne zu glauben, daß das "Secure" dort stünde, weil die Daten besonders sicher seien, dem ist aber nicht so.
Eine CF Karte kann man ganz komfortabel mit Feld-, Wald- und Wiesentools bearbeiten, weil sie sich wie eine IDE-Festplatte gibt. Ob man jetzt defrag braucht, sei dahingestellt, aber ein chkdsk kann schon mal Sinn machen. Das geht afaik mit SD-Karten nicht. Ich weiß nicht, ob es dort Tools gibt, mit denen man ein defektes Dateisystem so reparieren kann, daß eben nur das eine Bild futsch ist.
Ich hab auch mal gehört, daß bei CF Karten mit mehr Redundanz gespeichert wird, was sie fehlertoleranter machen soll. Ob das stimmt, weiß ich auch nicht, aber vielleicht magst Du in der Richtung auch mal recherchieren.
Meine persönliche Erfahrung: Ich habe CF-Karten in der Powershot G2 genutzt, in Embedded Devices und jetzt wieder in der 5D. Davor hab ich lange Zeit mit einer Ixus 40 geknipst, die halt nur SD kann. Das lang mir erst ein bissl im Magen, aber letztlich hatte ich nie ein Problem (bis vor 3 Wochen die Ixus gestorben ist, aber dafür kann die Karte nix

). Wenn ich mir überlege, was Cam und Karte mitgemacht haben, kann ich beiden nur eine gute Robustheit bescheinigen. Vom Snowboarden im Tiefschnee oder im Schneesturm bei -20°C (nein, das ist KEINE Übertreibung), am Meer mit salziger Luft und Sand, in 3800 Meter Höhe ... beide waren immer zuverlässig.
Ich würde allerdings auch niemals wegen ein paar Eurolein mir wichtige Daten alleine einer Billigkarte anvertrauen.