Außerdem beantwortet das noch nicht die Frage, warum das Problem so gehäuft mit dem SAL-50F14 auftritt und z.B. beim Minolta 50/1.7 oder beim Sigma 50/1.4 nicht.
Es könnte an der sphärischen Unterkorrektur des 50mm /1,4 liegen, das ist aber auch nur eine Vermutung. Das Ergebnis sind sphärische Aberrationen: das eigentlich scharfe Bild wird in dem Fall sozusagen von einem unscharfen Bild überlagert, was auch für diesen leicht weichen Bildeindruck bei großen Öffnungen mancher lichtstarker Objektive sorgt. Gut möglich, daß der AF damit etwas Mühe hat.
An meiner justierten D5D (die vorher mit dem 50er auch ihre liebe Not hatte) und meiner nicht justierten A700 fokussierten verschiedene Minolta 50mm /1,4 bisher allerdings idR. tadellos (klar, hier und da geht es auch mal daneben, das bleibt nicht aus, aber systematische Fehlfokussierungen habe ich nicht). Mit einem Sony 50mm /1,4 hingegen hatte ich auch Probleme - reproduzierbarer Fehlfokus (weiß nicht mehr in welche Richtung). Ähnliches kann man auch im Dpreview review des Sony 50mm /1,4 nachlesen. So ganz gleich sollen das Minolta und das Sony auch nicht sein, da wurden die Glassorten geändert, vielleicht liegt es daran. Manuell fokussiert war das Sony bei mir auch minimalst schärfer als das Minolta, hat dafür aber mehr axiale CA gezeigt und eben die Fokusprobleme gehabt. Keine Frage, daß ich dann beim Minolta 50mm /1,4 RS geblieben bin - eine minimal bessere Schärfe beim Sony bringt mir angesichts der anderen Nachteile gar nichts.
Aber das alles hiflt dem TO jetzt wenig. Oft liegt die Ursache tatsächlich an der Kamera und nicht am Objektiv. Ob/inwiefern das Objektiv überhaupt ohne die Kamera justiert werden kann weiß ich nicht. Darum würde ich auf jeden Fall mal mit der Service sprechen, bzw. die Kamera mit zur Justage schicken. Denn wenn diese -wie meine D5D damals- dejustiert ist (und das kann sie auch sein, wenn einige andere Objektive bisher unauffällig waren), tut man sich auch keinen Gefallen damit, ein einzelnes Objektiv so hinzubiegen, daß es funktioniert - mit dem nächsten lichtstarken kann es dann wieder Ärger geben. Meine D5D hatte z.B. nur mit lichtstarken (bis f2,8) Objektiven Probleme, mit lichtschwächeren gar nicht. Auch sowas gibt's. Habe das daher erst gar nicht gemerkt. Und da das die häufigste Sorge ist: nach der Justage (und ich habe nur die Kamera hingeschickt, kein Objektiv - die Kamera wird dann auf ein Referenzobjektiv eingemessen, was ich erstmal für sehr sinnvoll halte) haben dann alle Objektive gut fokussiert und nicht etwa die einen so und die anderen so. Die Fokusmodule werden in der Fertigung wohl nicht immer korrekt oder mit zu großen Toleranzen justiert und so kann es dann z.B. zu Problemen kommen. Aber auch das ist eigentlich nur eine Vermutung - wirklich sicher kann man die Ursache so aus der Ferne nicht herausfinden, zumal es auch nicht DIE Ursache gibt. Das Problem mit den Fokussensoren, die größer als die Suchermarkierungen sind, ist allerdings bekannt und kann eine der möglichen Ursachen sein - da ist dann der Fotograf gefragt, beim Fokussieren entsprechend aufzupassen.
Und nochwas: dieser "Traumflieger-Testchart" u.ä., wo man im 45 grad Winkel eine Skala abfotografiert, ist der Letzte Sch...! Da sollte man die Finger von lassen, bei mir kam da nur Murks raus und auch hier stimmen die Ergebnisse dieses Tests ja nicht mit der Praxis überein. Wirklich entscheidend sind aber nur die Ergebnisse in der Praxis (idealerweise bei verschiedenen Abständen ermittelt, denn front- oder backfokus kann abhängig von der Entfernung auftreten).
Insgesamt ein extrem umfangreiches Thema, das man leider nicht mal eben in einem Beitrag abhandeln kann.