Wenn, dann ist es allein ein Problem der Kamera. Ja, meistens sind die AF-Felder tatsächlich größer als im Sucher angezeigt. Sie können sich sogar überschneiden, wenn sie, wie bei deiner Kamera, recht dicht beieinander liegen. Zumindest an meiner Nikon habe ich das kürzlich genauer ermittel. Die Rahmen dienen nur als Orientierung. Tatsächlich sucht die Kamera dann innerhalb aber auch etwas außerhalb dieses Rahmens nach kontrastreichen Motivteilen. Das muss so sein, denn wenn die wenn die Felder zu klein sind, könnte es passieren, dass die Kamera gar nicht scharfstellen kann, weil gerade an dem kleinen Fleck, wo der Rahmen sitzt, nichts Kontrastreiches zu finden ist. Das wäre dann oft frustrierend. Ich denke schon, dass die Kamera versucht, genau im Rahmen die Schärfe zu finden. Wenn dort aber keine Kontraste zu finden sind, kann sie sich für etwas entscheiden, das etwa daneben liegt. Bei deinem Regal (Problemfotos) lag aber etwas innerhalb des Rahmens, was die Kamera gut fokussieren können muss. Da die im Sucher eingeblendeten Rahmen und die tatsächlichen Messpunkte völlig unabhängig voneinander sind, können auch Toleranzen dafür sorgen, dass das eine mit dem anderen nicht perfekt zusammnenpasst. Die Toleranzen würde ich aber als äußerst gering einschätzen.
Wenn du weitere Tests machst, könntest du mal versuchen, etwas zu fokussieren, das allein im Raum vor neutralem Hintergrund steht. So dass sicher gestellt ist, dass die Kamera nur genau das fokussieren kann und nichts anderes. Vielleicht ein (frontal betrachtetes) Straßenschild gegen den blauen Himmel. Lediglich kannst du im Falle der Unschärfe dann schwer beurteilen, ob der Fokus davor oder dahinter sitzt, was aber est einmal nicht so wichtig ist. Du könntest auch abwechseln mit den "Problemfeldern" und dann mit benachbarten, vermeintlich unproblematischen AF-Feldern fokussieren und dabei beobachten, ob das Objektiv jedes Mal den Fokus leicht verändert oder nicht...dabei brauchst du also noch nicht einmal Fotos machen.