Hmm, dazu habe ich erstmal keine zündende Idee.
Heißt also, on cam geht iTTL bei beiden Kameras nicht? Hat es jemals funktioniert? Falls nein, könnte es es vielleicht ein Kabelbruch im Blitzschuh des Blitzes sein oder ein nicht verbundener Kontakt. Zeigt der Blitz denn iTTL im Display und auch das "Blitz auf Kamera"-Symbol? Siehe auch Displayabbildung hier:
https://www.dslr-forum.de/attachment.php?attachmentid=3305044
Vielleicht hilft ein Beispielbild, mit EXIFs und gerne hier hochgeladen.
Grundsätzlich funktioniert die Kombi aus D7100 und YN-568 EX. Zur D5000 kann ich nichts sagen, aber sollte eigentlich auch gehen.
Was mich stutzig macht ist, dass die Übertragung der Brennweite funktioniert. Wenn es ein Kommunikationsproblem gäbe, dann sollte diese eigentlich auch gestört sein. Alle anderen Sachen, wie Blitzbelichtungskorrektur oder Messmethode müssten auch relevant sein, wenn du AWL benutzt. Und das klappt ja, so wie ich dich verstanden habe.
Nachtrag: Aber außerhalb der Synchronzeit bist du nicht, bzw. hast an der D7100 FP-Sync aktiviert? Könnte ja sein, dass die Bilder, die du mit AWL aufgenommen hast längere Belichtungszeiten hatten und es jetzt zufällig kürzere sind.