Das Protokoll welches zur Darstellung der Dateien über USB verwendet wird funktioniert anders als die Dateien direkt von Speicherkarte zu lesen.
Von Speicherkarte werden die Daten 1:1 dargestellt und geladen.
Die Kamera wie auch andere Geräte wie Smartphones erstellen über USB verbunden aber einen "virtuellen Index", der zunächst nicht die originalen Dateien lädt. Die Ordner und Dateien können auch ganz anders heissen.
Erst wenn man die Dateien tatsächlich kopiert, sollten die richtigen Dateien auf das Zielgerät geschrieben werden.
Man wird aber vor dem Kopieren keine EXIF, Zusatzinfos, oder ähnliches abrufen, sondern lediglich die Medien (Videos und Bilder) anzeigen können.
Das Protokoll ist stark vereinfacht und heisst im Falle vom MTP nicht umsonst Media Transfer Protocol.
Mit einer neuen Windows Version dürfte es nichts zu tun haben, auch wenn Microsoft für fehlende Benutzerfreundlichkeit bekannt ist und gerne Funktionen entfernt, entstellt oder massiv verändert.
Probiere mal die Dateien erst über USB auf den Computer zu kopieren und schau dann, ob bei den kopierten Dateien die GPS Daten vorhanden sind.
Falls nicht, bleibt wohl nur der Transfer über Speicherkarte der am Rande erwähnt auch je nach Speicherkarte deutlich schneller ist.
Die GPS Daten sind bei der 6D Mark II direkt in den JPGs. Ich hatte die Kamera und bei mir war es dort auch so.