Hab mir gerade überlegt, ob man mit Abfotografieren (statt Scannen) weiter käme. Die Vorlagen müsste man dann natürlich mit Hilfe einer Glasplatte glattdrücken.
Wenn man Repro-typisch mit zwei oder vier Lichtquellen seitlich im Winkel von 30° bis 50° arbeitet, hätte man dann auch zwei oder vier Schatten (also im Extremfall an allen Seiten). Allerdings wären die Schatten ziemlich hell und unauffällig, weil jeder Schatten von mindestens einer anderen Lichtquelle etwas aufgehellt wird. Kernschatten, so wie jetzt, gäbe es dann nicht. Vielleicht wäre das schon gut genug.
Weicheres Licht (Softboxen) würde eher nicht helfen, weil der Abstand zwischen der schattenwerfenden Kante und dem Hintergrund sehr kurz ist. Weiches Licht entfaltet seine Wirkung erst mit etwas mehr Abstand.
Eine etwas unkonventionelle Methode (bitte weiterlesen, auch wenn es erst mal verrückt klingt) wäre das Fotografieren mit direktem Blitz.
Wenn es nämlich gelänge, den Blitz möglichst nah an die Objektiv-Achse zu bringen (oder gleich einen Zangenblitz/Macro-Ringblitz zu benutzen) und zusätzlich eine längere Brennweite zu verwenden, um den Restabstand der Achsen zu kompensieren, müsste man eine nahezu schattenfreie Ausleuchtung bekommen.
Der Haken dabei wäre zunächst die Spiegelung in der Glasplatte, die man ja zum Flachdrücken der Vorlage braucht. Manche Vorlagen spiegeln/glitzern evtl. auch von sich aus schon ohne Glasplatte. Das kompensiert man, indem man aus so schrägem Winkel fotografiert, dass alle Spiegelungen aus dem Bild rausgehen. Anschließend entzerrt man das Bild passend im Rohkonverter oder Bildbearbeitungsprogramm. (Wenn die Kamera auf dem Stativ stand und alle Bilder gleich verzerrt sind, geht das Entzerren per Stapelverarbeitung bzw. Synchronisierung der Einstellungen.)