Ich würde sagen, das spielt im Wesentlichen keine Rolle. Ein Mac frisst sowieso beides und wenn Du Windows-User sein solltest, dann kann man dem das auch beibiegen, da gibt es ja Codecs und Applikationen für alles, man muss es nur einrichten.
Ich halte das nur für eine Warnung für absolute Einsteiger, die mit der Default-Konfiguration und Applikation von Windows arbeiten werden, quasi eher ein Bug-Hinweis. Es gibt jedenfalls keinen Grund, warum Audio und Video asynchron wiedergegeben sollten, wenn Canon bei der Aufnahme alles richtig macht und später bei der Wiedergabe das Wiedergabeprogramm keine Fehler macht.